MSBR工艺运行如下图所示。

原污水和回流污泥同时进人厌氧池④后进行搅拌混合，回流污泥中的聚磷菌利用原污水中降解的有机物在此进行充分释磷。然后混合液由厌氧池④进人缺氧池⑤，与好氧池⑥来的含大量NOx一N的回流混合液搅拌混合，进行反硝化脱氮，反硝化后的混合液流人好氧池⑥，在此进行硝化、有机物降解和聚磷菌的吸磷。

经好氧池处理后，一部分混合液至缺氧池⑤，另一部分混合液进人SBR一2池⑦，经沉淀后上清液排放。此时另一边的SBR一1池①进行搅拌、曝气、预沉，起着反硝化、硝化、有机物降解的作用，沉下的污泥作为回流污泥，首先进人浓缩池浓缩，其上清液直接进人好氧池⑥，而浓缩污泥进人缺氧池③，减少污泥中的溶解氧，同时对回流污泥中硝酸盐进行反硝化，降低回流污泥中的硝酸盐浓度，使由缺氧池③进人厌氧池④的回流污泥中溶解氧和硝酸盐浓度都很低，为厌氧池④中厌氧释磷提供了更为有利的条件。