要同时保证厌氧生物处理的水力停留时间（HRT）和固体停留时间（SRT）。HRT与待处理的污水中的有机污染物性质有关，简单的低分子有机物要求的HRT较短，复杂的大分子有机物要求的HRT较长。厌氧生物处理工艺的SRT都比较长，以保证反应器内有足够的生物量。

水力负荷过大导致水力停留时间过短，可能造成反应器内的生物体流失。因此，在水力停留时间较短的情况下，利用悬浮生长工艺如UASB处理低浓度污水往往行不通。要想经济地利用厌氧技术处理低浓度污水，必须提高SRT与HRT的比值，即设法增加反应器内的生物量。

水力停留时间对于厌氧工艺的影响主要是通过上升流速来表现出来的。一方面，较高的水流速度可以提高污水系统内进水区的扰动性，从而增加生物污泥与进水有机物之间的接触，提高有机物的去除率。在采用传统的UASB法处理污水时，为形成颗粒污泥，厌氧反应器内的上升流速一般不低于0.5m/h。另一方面，为了维持系统中能拥有足够多的污泥，上升流速又不能超过一定限值，否则厌氧反应器的高度就会过高。特别是处理低浓度污水的厌氧处理，水力停留时间是比有机负荷更为重要的工艺控制条件。