水中的有机物如腐殖酸、富维酸等带负电基团的线性大分子，它们能与强碱性阴离子交换树脂发生交换反应。而且这些线性大分子一旦进人树脂内部，其带负电的基团与阴离子交换树脂上带正电的基团发生电性复合作用。这些线性大分子上通常带有多个基团，能与树脂的多处交换位置复合，致使它们蜷曲在树脂内孔道空间，在再生时容易形成有机物的钠盐。由于分子体积增大，卡在树脂微孔中不易洗脱。

另外，由于强酸性阳离子交换树脂因机械破碎而形成的带负电的胶状物，也可以使阴离子交换树脂受到污染。