(1）试运行阶段

首先将系统的水力负荷调低到使处理田基本上无出水；调整进水中有机物的碳、氮和磷的比例到适合微生物生长的条件，并使田间牧草生长得茂密；生物膜生长到基本上覆盖住土壤表面后，开始提高系统的水力负荷，同时监测出水水质，在保证出水水质符合设计标准的条件下，逐步提高水力负荷到设计负荷。待厚密的牧草全部覆盖了处理田，土壤表面的微生物膜完全生好，处理出水水质达到最佳时，表明试运行阶段可以结束，并可开始系统的正式运行。

(2）正式运行阶段

在正式运行之后，系统的管理和监控直接影响到处理的效果。系统在一年中分三个阶段运行，即分常温、低温和冬季运行，在适当的水力负荷及其他措施条件下，土地漫流处理田的出水均可符合出水的设计标准，出水中的BOD₅和SS均低于20mg/L。在北方地区污水土地漫流处理系统的季节运行技术参数如下:

常温:水力负荷率6~14cm/d，运行240d; .

低温:水力负荷3~6cm/d，运行30d;

冬季:水力负荷2~3cm/d，运行90d。

在运行中，日常监测项目是水温、水量、pH值、出水中BOD₅和SS的测定,并且根据分析测定结果随时调节系统的水力负荷、投配率和布水周期等运行参数来保证系统操作运转的正常。