除了浓度和时间的影响外，影响消毒效果和速度的因素有：

(l）微生物特性。一般而言，病毒对消毒剂的抵抗力较强；有芽抱的比无芽抱的耐力强；寄生虫卵较易杀死，但原生动物中的痢疾内变形虫的胞囊却很难被杀死；单个细菌易杀死，成团细菌（如葡萄球菌）的内部菌体却难于被杀死。

(2）温度。温度通过两个途径对消毒产生影响：第一，温度过高或过低都会抑制微生物的生长活动，直接影响杀菌效率；第二，影响传质和反应速率。一般而言，较高温度对过程有利。

(3)PH值。PH值决定了氯系消毒剂的存在形态。低PH值时，HOCI或NHCL₂的量较大，杀菌能力强。有些微生物的表面电荷特性随pH值变化，而表面电荷可能阻碍带电消毒剂的进入，从而影响消毒效果。

(4）水中杂质。水中的悬浮物能掩蔽菌体，使之不受消毒剂的作用；还原性物质和有机物消耗氧化剂，并生成有害的氯代烃、氯酚等；氨与HOCI作用生成氯胺。