当污水中的氯离子浓度大于20mg/L时，微生物的活性一般将受到抑止，COD去除率会明显下降；当污水中的氯离子浓度大于8000mg/L时，会造成污泥体积膨胀，水面泛出大量泡沫，微生物会相继死亡。对于经过长期驯化微生物，会逐渐适应在高浓度的盐水中生长繁殖。

已经适应在高浓度的盐水中生长繁殖的微生物，细胞液的含盐浓度是很高的，一旦污水中的盐分浓度较低或很低时，污水中的水分子会大量渗人微生物体内，使微生物细胞发生膨胀，严重者破裂死亡。因此，经过长期驯化并能逐渐适应在高浓度的盐水中生长繁殖的微生物，对生化进水中的盐分浓度要求始终保持在相当高的水平，不能忽高忽低。