污水生物除磷包括厌氧释磷和好氧摄磷两个过程，因此污水生物除磷的工艺流程由厌氧段和好氧段两部分组成。按照磷的最终去除方式和构筑物的组成，除磷工艺流程可分为主流程除磷工艺和侧流程除磷工艺两类。

主流程除磷工艺的厌氧段在处理污水的水流方向上，磷的最终去除通过剩余污泥排放，其代表方法是厌氧好氧(A/0)工艺,其他方法如厌氧/缺氧/好氧( A²/0)工艺、Phoredox 工艺(五段Bardenpho工艺、A²/O/A/O)、 UCT工艺以及其改进工艺、SBR法、氧化沟等,都是经过厌氧、好氧过程和排出剩余污泥来实现除磷。

侧流程除磷工艺的厌氧段不在处理污水的水流方向上,而是在回流污泥的侧流上，具体方法是将部分含磷回流污泥分流到厌氧段释放磷，再用石灰沉淀去除富磷上清液中的磷。