厌氧生物处理的中间产物是挥发酸( VFA)，而VFA是产甲烷菌能利用的底物。VFA 的积累等厌氧最终产物都可能会使反应器内pH值下降。当产酸过程比产甲烷占有较大优势时，如果污水没有足够的缓冲能力，整个反应系统将出现酸化现象。酸化菌对低pH值的耐受力远大于产甲烷菌，在pH值<5时仍可以相当活跃。这就意味着即使产甲烷过程已经被低pH值所抑制，产酸过程仍然在继续。对于缓冲能力小的厌氧处理系统，pH值的持续下降会进一步引起产甲烷菌活力的降低，进而导致pH值的继续降低，最终使厌氧过程失效。

为防止pH值剧烈变化对处理效果产生不利影响，污水必须具有一定对pH值变化的缓冲能力。污水的碳酸氢盐所形成的碱度对pH值的变化有缓冲作用，但由于污水中的碱度一般是固定的，而VFA可能会因操作条件的变化出现较大的波动，因此，VFA浓度的增加不可避免地引起污水碱度的下降。为防止反应器内局部酸的大量积累，除了进行必要的混合搅拌外，可能还需要投加碳酸氢钠和石灰等来保证反应器内的碱度适中。