厌氧池内的腐蚀现象很严重，既有电化学腐蚀又有生物腐蚀。电化学腐蚀主要是厌氧消化过程中产生的H₂S在液相形成氢硫酸导致的腐蚀，尤其是在气液交界处的腐蚀最严重。生物腐蚀常常被人忽视，而实际生物腐蚀程度和带来的问题都很严重，因为用于提高气密性和水密性的一些防渗防水材料，有的是有机组分，在长期与厌氧微生物接触的过程中，有可能被分解掉而失去防水和防渗的作用。