MBR中膜污染物的来源是活性污泥混合液，因此，对活性污泥混合液进行有效处理，改善污泥的可过滤性，是防止膜污染的重要措施之一。目前常用的方法有：投加活性炭、化学絮凝、投加填料等，也可以利用生物强化（优势菌）技术，以改善原系统的处理能力，改善膜污染的程度。

(1）向反应器内投加粉末活性炭并维持一定的浓度，除降低混合液的COD外，活性炭还能与活性污泥混合附着在膜表面上，进而改善滤饼层的结构，减小过滤阻力。

(2）向反应器中间歇投加化学混凝剂，在不影响微生物活性的前提下，可降低有机物在混合液内的累积，有利于维持膜通量的恒定。

(3）在反应器内培养颗粒污泥，既可以提高MBR对有机污染物的去除效果，又能够减少活性污泥对膜组件的污染。

(4）投加一些专用的膜性能增效剂，能显著改善污泥的可过滤性及延缓跨膜压差的增长，甚至还可以提高膜的临界通量并改善微生物的活性。