1．低水通量过滤

系统正式运行前，应先通过试验确定本系统最佳的错流速度，以及此条件下的临界通量值。在临界通量下运行，不仅可以降低滤饼层阻力，且可通过反洗去除可逆污染。一旦超过临界通量，跨膜压差增加迅速且不稳定，此时再降低通量，形成的污染是部分不可逆的。

2．合理的曝气

在MBR中，曝气的目的除了为微生物供氧以外，还使上升的气泡及其产生的扰动水流清洗膜表面和阻止污泥聚集，以保持膜通量稳定。但曝气过大时，会导致膜表面沉积的颗粒粒径减小，使滤饼的结构更加致密，从而使膜过滤阻力增加。相反的，曝气量过小，扰动削弱，污染也会加重，因此，要选择合适的曝气量。

曝气可以降低膜的可恢复和不可恢复阻力。有关研究表明，曝气能增加处理出水的流量，且在出水量较小时效果明显，在出水量较大时效果不明显。

由于曝气可以增强液体流动在膜表面形成的剪切作用，能使出水通量在一定的范围内增大。

3．间歇操作

采用间歇抽吸操作模式旨在通过定期地停止膜过滤，以使沉积在膜表面上的污泥在曝气所造成的剪切力作用下从膜表面脱落下来，使膜的过滤性能得以恢复。一般抽吸时间越长，悬浮固体在膜表面的积累程度越大；停歇时间越长，膜表面沉积污泥脱落越快，膜过滤性能恢复也就越多。间歇抽吸主要有抽吸加上反冲洗和抽吸加上曝气两种方式。采用的抽停时间也因膜材料、膜组件型式及运行条件等各种因素的不同而有所差异。