进水中的各种大分子有机物是阴树脂污染的主要来源。因为阴树脂的结构和性能使其对大分子有机物存在不可逆反应。低分子量有机物被树脂吸附后，在再生时可以置换出来，因而不易污染树脂。此外，来自阳树脂的降解产物也会使阴树脂受到有机物污染。国外经验认为，氢型阳树脂含水量大于60%，就会有相当数量的有机物释放到水中，污染阴离子。

被污染的强碱阴树脂可出现以下特征：

(1）外观颜色由开始的浅黄色，逐渐污染为淡棕色、深棕色、棕揭色、黑褐色，且树脂破碎严重；

(2）再生后的强碱阴树脂，其冲洗水量会明显增大；

(3）阳床出水电导率逐输增加，pH逐渐下降；

(4）有机物存在于树脂床的强碱交换部位，使阴树脂的除硅容量下降，以至二氧化硅过早泄漏；

(5）工作交换容量下降，树脂含水量下降，树脂上的交换基团发生变化，其中强碱基团减少，弱碱基团增多；

(6）树脂颗粒表面的有机物再加上细菌排泄物，会形成一层憎水性的膜，使树脂活性基团与外界隔离，造成交换困难。