消毒杀菌的方法有氯、二氧化氯、臭氧等氧化法、紫外线照射等，另外超滤处理也可以除去水中大部分的细菌。对致病病原体较为集中和含量较大的污水最好进行多带带消毒处理，然后再和其他污水一起进行二级生化处理，这样可以减少消毒剂的消耗量。