好氧呼吸是由分子氧（O₂）参与的生物氧化，反应的最终受氢体是分子氧，是营养物质进人好氧微生物细胞后，通过一系列氧化还原反应获得能量的过程。首先底物中的氢被脱氢酶活化，并从底物中脱出交给辅酶（递氢体），同时释放出电子，氧化酶利用底物放出的电子激活游离氧，活化氧和从底物中脱出的氢结合成水。因此，好氧呼吸从实质上是脱氢和氧活化相结合的过程。在这个过程中，同时释放能量。