好氧微生物包括异养型微生物和自养型微生物两种。

异养型微生物的好氧呼吸作用以有机物为底物（电子供体）,其终产物为二氧化碳、氨和水等无机物，同时释放出能量。自养型微生物的好氧呼吸作用以无机物为底物（电子供体），其终产物也是无机物，同时释放出能量。