好氧处理和厌氧处理的主要区别主要体现在如下几个方面：

(1）起作用的微生物菌群不同。好氧处理是由耗氧微生物和兼性微生物起作用的；而厌氧处理是两大类群的微生物其作用，先是厌氧菌和兼性菌，后是另一类厌氧菌。

(2）产物不同。好氧处理中，有机物转化为CO₂、H₂0、NH₃或NO₂^-、NO₃^-、PO₄^3-、SO₄^2-等，且基本无害，处理后废水无异味；厌氧处理中，有机物被转化为CH₄、NH₃、胺化物或氮气、H₂S等，产物复杂，出水有异臭。

(3）反应速率不同。好氧作用由于有氧作为受氢体，有机物分解比较彻底，释放的能量多，故有机物转化速率快，处理设备内停留时间短，设备体积小；厌氧处理有机物氧化不彻底，释放的能量少，所以有机物转化速率慢，需要时间长，设备体积庞大。

(4）对环境的要求不同。好氧处理要求充分供氧，对环境条件要求不太严格；厌氧处理要求绝对厌氧的环境，对环境条件（如PH值、温度）要求很严。