氧化沟可分为间歇运行和连续运行两种方式。间歇运行适用于处理量少的污水，可省掉二次沉淀池，当停止曝气时，氧化沟作沉淀池使用，剩余污泥通过氧化渠中污泥收集器排除。连续运行适用于水量稍大的污水处理，需另设二次沉淀池和污泥回流系统。