废水的脱氮除磷要求经历厌氧一缺氧一好氧这样一个过程，而SBR工艺在时间上的灵活控制，不仅可以很容易地实现好氧、缺氧和厌氧，而且很容易在好氧条件下增大曝气量、延长曝气时间和增加污泥龄来强化硝化反应及聚磷菌过量摄磷；也可以在缺氧条件下方便地投加原污水或提高污泥浓度等方式使反硝化过程更快地完成；还可以在厌氧条件下通过搅拌促进聚磷菌充分地释磷。