SBR工艺进水和排水是间断式的，因此在设计和应用时应注意水量的平衡问题，如果产生的废水是连续性的，则要合理的增设调节池。旱季和雨季的水量变化很大，在设计调节池和反应池时应充分考虑，避免出现旱季水量不足和雨季水量过多引起的反应器不正常运行。间歇式运行容易使污泥在沉淀期进人曝气头内部，增大了再次曝气的管道阻力，也会造成曝气微孔的堵塞，所以应选用不易堵塞的曝气系统。排水期尽量使用排水均匀、排水量可调、对池底污泥干扰小的灌水装置。SBR在处理有毒有害和难降解废水时，要选择适当的曝气时间，最好与其他物理化学方法串联使用。