产生的剩余污泥可通过两个外侧单元的排泥口排除。每个单元均可多带带进水。类似于传统的活性污泥系统，UNITANK采用的是周期性的连续运行方式；一个运行周期，包括两个主要时期和两个较短的过渡时期。

第一个主要运行周期（见下图）。进人单元A的废水，在那里进行曝气并与活性污泥混合，有机化合物被活性污泥吸附及部分分解,此过程被称为积聚(accumulation)。活性污泥/污水混合液体,从单元A流到处于持续曝气状态的单元B。在这里活性污泥将进一步地降解(“消化”)在单元A中所摄入和吸附的有机化合物,我们称此过程为再生( regeneration)。最后混合液体到达单元C,此单元既没有曝气也没有搅拌,从而创造出安静的环境实现污泥的沉降。污泥凭借重力沉降,澄清水通过溢流堰排放。剩余污泥由沉淀单元C排除。为了防止污泥在单元A和单元B中被冲洗掉及在单元C中积累,水流方向在120min~ 180min后就会被改变,从而进入第二个主要运行周期。

第二个主要运行周期(见下图)。除了水流方向相反以外，第二个主要周期与第一个主要 周期是一样的。废水首先进入曝气的单元C并经单元B流到单元A,现在单元A是作为沉淀单元，在此单元内既没有曝气也没有搅拌。

在每个主要周期后都有一个较短的过渡时期。1这一时期的作用是将曝气单元转换成沉淀单元。废水进入单元B,而此时两个外侧单元均处于沉淀状态。通过此种方式，为下个主要时期(水流方向改变)做准备,以保证连续地流出沉淀良好的清澈出水。