该系统工艺流程如下图所示。由于单级BAF摘时去除有机物和氮化合物，就存在自养菌和异养直对空间和氧气的竞争，当进水有机物负荷和氮化合物浓度高时，难以在单级BAF实现氮化合物的有效去除。在两级BAF系统分别去除COD、SS、NH4⁺—N ，能使异养菌和自养菌在适合自己的最佳环境条件下充分发挥其去除污染物的能力。BAF一C碳源容积负荷通常为2.5kgBOD₅/(m·d)，在高水力负荷下碳源容积负荷能达到18kgCOD/(m·d）。