每个SBR池安装有喷射曝气器和挡板来完成所有的处理过程―生物氧化、沉淀、硝化、反硝化。这些过程按五个阶段依次完成：①进水期；②反应期；③沉淀期；④出水期；⑤待机（兼氧进水）。

按照控制程序，进水期包括生物接触、混合租曝气茱至少部分时间曝气，但为了提高沉淀或反硝化，在进水期可能需要停止曝气）；在反应期曝气和混合可以调整；然后是沉淀期；上部的澄清水在出水期排出；在待机期可以一边等待一边进水，并对剩余污泥曝气。

在SBR系统中，不同的SBR池运行模式也不同，但进水都是从第一个处于待机期的单元开始。一个单池SBR系统通过调整可以连续进水或间歇进水。

污泥的排放，在单池系统中由于污泥产量低，所以次数少。而在多池系统中，由于污泥产量高，排放可以多到一个周期一次。