如下图所示的MSBR(CSBR）系统的操作程序阐述如下：该系统由5个水力连接的生物反应池组成，池1至池3分别为缺氧、厌氧和好氧池。这些池串联运行，混合液连续地流经池1、池2和池3，与连续流活性污泥系统一样。经预处理的原生废水，以两点进水的方式同时连续地流人池1和池2。池4和池5是相同的，交替地进行周期性的操作，一个池在进行澄清水排出时，而另一个池则进行污泥回流、批式处理和静止沉淀。当池4作为澄清水排放池时，静止沉淀的澄清水由此排出，而此时池5则依次进行污泥回流、批式处理和静止沉淀。在污泥回流阶段，开启池5中污泥回流泵，将混合液送人池1，同时池3的混合液以与污泥回流泵相同的流量进人池5。在污泥回流阶段可进行间歇式曝气以提高脱氮效率。

污泥回流阶段结束后，池5中的污泥回流泵停止运行，使池5停止混合液进、出，变成为隔离池，并对其中的混合液进行曝气和搅拌混合处理。在这批混合液处理阶段结束时停止曝气和搅拌，由此形成静止沉淀的环境，让最后的处理水跟活性污泥分离，为该池作为沉淀澄清水的排出池做好准备。

在池5中进行如上操作程序的同时，池4（澄清水排放池）在上一个周期产生的沉淀澄清液，通过从池3连续进人混合液的置换作用而连续地排出。在澄清水排放期间所有设备（曝气、搅拌设备和污泥回流泵）停止运行。在池5完成沉淀澄清后，池4和池5的功能交换并开始下一个运行周期。在整个系统中水位永远保持恒定。

需要说明的是，上图只是CSBR工艺的一种布设形式，还可以根据不同的处理要求做成多种构型的系统。