滤料间隙中的空气不断地向流动水层转移，使流动水层保持充足的溶解氧，向下流动的废水中含有丰富的有机物质，因此厂流动水层具有使好氧微生物繁殖活动的良好条件。有机物的降解是在生物膜表层的厚度约为2mm的好氧性生物膜内进行的。在好氧性生物膜内栖息着大量的细菌、原生动物和后生动物，形成了有机污染物―细菌―原生动物（后生动物）的食物链，通过细菌的代谢活动，有机物被降解，使附着水层得到净化。流动水层与附着水层相接触，在传质作用下，流动水层中的有机污染物传递给附着水层，从而使流动水层在流下的过程中逐步得到净化。好氧微生物的代谢产物H₂O和CO₂通过附着水层传递给流动水层，随流动水层排出滤池。如下图所示。