普通生物滤池的负荷低，废水与生物膜的接触时间长，有机物降解程度较高，废水净化较为彻底。又由于有机物负荷低，微生物经常需要进行内源代谢，以取得能源，微生物增殖迟缓，生物膜增长较慢，污泥量少。但生物膜呈周期性脱落，随季节变动，出水净化效果也随之变化。

高负荷生物滤池的废水负荷量高，微生物代谢速度快，生物膜增长迅速。但由于水量大，冲刷能力较强，生物膜的厚度大致保持一定，随季节消长的幅度较小。由于水童大，废水与滤料的接触时间短促，有一部分只完成了对有机物吸附过程的生物膜，被冲下流出池外，因此，废水净化程度低于普通生物滤池，而污泥量则多于前者。这也是高负荷生物滤池的缺点。