两段生物滤池系统的主要缺点是负荷不均衡，并需加大占地面积，增设泵房。常出现的问题是第一段滤池负荷过高，生物膜易于积存和产生堵塞现象，而第二段滤池又往往负荷过低，为解决这种问题，可以采用交替配水措施，即串联的两个滤池交替作为一段和二段使用。如下图所示。