厌氧生物处理方法存在下列缺点：

(1）厌氧微生物增殖缓慢，因而厌氧设备启动和处理所需时间比好氧设备长；

(2）出水往往达不到排放标准，需要进一步处理，故一般在厌氧处理后串联好氧处理；

(3）厌氧处理系统操作控制因素较为复杂。