搅拌混合也是提高消化效率的工艺条件之一。没有搅拌的厌氧消化池，池内料液常有分层现象。通过搅拌可消除池内梯度，增加食料与微生物之间的接触，避免产生分层，促进沼气分离。在连续投料的消化池中，还使进料迅速与池中原有料液相混匀。采用搅拌措施能显著地提高消化的效率。一般认为，产甲烷菌的生长需要相对较宁静的环境，所以搅排要适当。