厌氧微生物的生长繁殖需按一定的比例摄取碳、氮、磷以及其他微量元素。工程上主要控制进料的碳、氮、磷比例，因为其他营养元素不足的情况较少见。不同的微生物在不同的环境条件下所需的碳、氮、磷比例不完全一致。一般认为，厌氧法中碳：氮：磷控制为200 : 5 : 1一300 , 5 , 1为宜。此值大于好氧法中的100 : 5 : 1，这与厌氧微生物对碳素养分的利用率比如好氧微生物低有关。在碳、氮、磷比例中，碳氮比例对庆氧消化的影响更为重要。研究表明，合适的C/N为10 : 1一18 : 1。