厌氧反应分为三个阶段：

第一阶段是有机物在水解和发酵细菌的作用下分解成脂肪酸机器产物。

第二阶段是产氢产乙酸在细菌的作用下进一步转化成氢、二氧化碳和乙酸。

第三阶段是甲烷发酵阶段（碱性发酵阶段）通过两组不同的产甲烷菌的作用，一组把氢气和二氧化碳转化成甲烷，另一组是乙酸脱产生甲烷。